登録免許税の税率は登記の目的によって異なりますが、平成15年度の税制改正で登録免許税の税率が大幅に引き下げられました。
例えば売買による所有権移転登記の場合、平成14年度までの税率は5.0％でしたが、改正によって平成15年4月1日以降の本則税率が2.0％引き下げられた上、さらなる軽減措置もとられています。

本則税率
　所有権の保存登記　0.4％
　所有権の移転登記　2.0％
　(相続による所有権移転登記は0.4％)
　抵当権の設定登記　0.4％
　※住宅金融公庫(直接融資またはフラット35)・財形住宅融資などによる抵当権の設定登記(国や一定の機関が自らのために行う登記)は非課税。


特例税率
　(平成18年4月1日から平成20年3月31日まで)
　所有権の移転登記　1.0％(土地のみに適用)

不動産の登記において、登録免許税が課税されるのは新築建物などで最初に行われる所有権の保存登記、土地や建物の売買による所有権の移転登記、住宅ローンの借り入れによる抵当権の設定登記などをはじめとして、不動産の権利に関する登記のほぼすべてです。ちなみに、土地の地番・地目・地積、建物の家屋番号・構造・床面積などを記載する登記簿の表題部を作成する為の登記(＝表示登記)には、原則として登録免許税が課税されません。